В музее постоянно действуют естественно-научный отдел, отдел истории и выставочный зал.

В естественно-научном отделе представлена наиболее полная среди музеев Чувашии   зоологическая экспозиция, которая показывает обитателей всех природных зон Алатырского района, демонстрируются палеонтологические материалы.

Автор  проекта и создатель экспозиции естественно-научного отдела – А.В.Коноваленко.

Исторический отдел  включает в себя четыре экспозиционных зала.

Интересен уникальной коллекцией археологии, материалами по  истории религии, истории города Алатыря и Алатырского уезда.

Иллюстрируют исторический отдел и интерьеры – «Келья монаха», «Крестьянская изба», «Ломбард», «Аптека», «Бакалейный магазин», «Книжная лавка», «Комната горожанина 40-х годов ХХ века».

Автор концепции и создатель экспозиции исторического отдела – Е.В.Раздьяконова – хранитель фондов.

Выставочный зал  площадью 85 кв. метров, оснащен современным витринным оборудованием, позволяет привлекать посетителей на разнообразные выставки, организуемые на основе фондов, как своего музея, так и  других музеев.