Во 2-ой половине XVI в., после разгрома и присоединения Казанского ханства, Алатырь становится не только пограничным городом, защищавшим восточные окраины России, но и центром распространения государственной власти среди инородцев Поволжья путем распространения христианской веры.
Особое место в этом занимали монастыри, которых в этот период, по подсчетам В.О. Ключевского, было основано 50, а к концу века всего их насчитывалось около 200.
Алатырский Троицкий был основан по преданиям в 1584 г. на отлогом берегу реки Алатырь. Первоначально все здания были деревянными и они не обеспечивали защиты от набегов татар, мордвы и др. Особенно пострадал монастырь в «смутное время»: «игумен и братья, и служки, и крестьяня… от насильства разбрелись розно, и монастырь де розорен, и монастырская вотчина запустела».
В 1615 г. монастырь по причине его бедствия был приписан к Троице-Сергиевой Лавре (лаврой называли особо выделенные по значимости, древности, обилию святынь монастыри; в России их всего было четыре).
Недостатка в монахах не было. Англичанин Д. Флетчер писал: «… они размножаются не только от суеверных жителей, но и потому, что монашеская жизнь наиболее отстранена от притеснений и поборов, падающих на простой народ, что и заставляет многих надевать монашескую рясу как лучшую броню против таких нападений».
Такое положение сохранялось в XVII-XVIII вв. В Указе Петра I от 3 марта 1724 г. говорилось: «Нынешнее житие монахов точно вид есть понос… Большая часть тунеядцы суть и понеже корень злу праздность… Большая часть бегут от податей и от лености, дабы даром хлеб есть».
Монахам предписывалось полностью отказаться от личной собственности, но не возбранялось иметь и приумножать коллективную, например земельную. В монастыре скапливались огромные богатства.
В конце XVII в. Троицкий монастырь вел тяжбу с Николаевским девичьим монастырем и алатырскими посадскими людьми за владение рыбными ловлями и озерами. Из документов дела видно, что уже в 1624 г. монастырю принадлежали «две мельницы за Сурою рекою; одна на речке Орловке, а другая на речке на Бездне, да за рекою Сурою около мельницы Бездны по лесу и по болоту сена 50 копен; да оброчные рыбные ловли: река Сура да река Алатырь, от города Алатыря одна правая сторона Суры реки до Люли реки и с озеры, да река Алатырь с устья по большой омут по обе стороны, и с озеры, и с истоки, и с суходолы».
К середине XVIII в. Троицкий монастырь владел уже 8484,5 дес. пахотной земли, 1866 дес. сенокоса, значительными площадями леса, рыбными ловлями по р. Суре и во многих озерах. Ему принадлежало 10 сел и 1 деревня (села Ичиксы, Кладбищи, Кувакино, Миренки, Мишуково, Сурский Майдан, Турдаково, Четвертаково, Чуварлей, Явлей и деревня Милютино), в которых в 1746 г. числилось крестьян 5058 душ мужского пола.
Монастырское хозяйство полностью обслуживалось крестьянами. Доходы были огромны. В 1764 г. они составили 4333 руб., т.е. по 80 с лишним копеек на душу мужского пола. Кроме того, церковно-монастырские крестьяне вносили налогив казну и выполняли различные повинности в пользу государства. Крестьяне, помимо выполнения полевых работ , обязаны были строить и ремонтировать монастырские постройки, растить солод, изготовлять крупу для монахов, поставлять столовые припасы: коровье масло, яйца, свиней, гусей, баранов, малину, ежевику, бруснику, орехи, хмель, грибы и т.п.
Для выплаты оброка крестьяне занимались ремеслами и промыслами. В селах Турдаково, Мишуково, Ичиксах, Миренках и д. Милютино промышляли бондарным делом, вили канаты, ткали рогожи; в селах Кувакино и Кладбищи «делают на продажу сани воски, а в летнее время колеса». В селе Сурский Майдан изготовляли барки и лодки, торговали лесом.
После секуляризации 1764 г. крестьяне были переведены в разряд экономических, а в 1786 г., по ликвидации Коллегии экономии, слиты с государственными. В 1796 г. в монастыре была «навсегда учреждена архимандрия» и монастырь был причислен к 3-му классу.
Монастырское землевладение на протяжении XIX в. сокращалось. В начале XX в. (по состоянию на 1903 г.) он владел 516 десятинами: пашни – 48 десятин, лугов – 34, под лесом – 302, под озерами – 131. Тогда же в списке братии указаны 14 иеромонахов, 1 схимонах, 6 монахов, 7 указных послушников, 49 проживающих на послушническом положении.
До XVIII в. все монастырские здания были деревянными. В 1748 г., на месте деревянной церкви Святой Троицы, находившейся в центре монастыря, началось строительство каменного храма, которое завершилось в 1753 г. Храм был выстроен в два этажа. В начале XIX в. храм был перестроен. В это же время была построена отдельно стоящая каменная трехъярусная колокольня «изящной архитектуры».
В 20-30-е годы XIX в. были построены каменные двухэтажные настоятельские покои, помещения для братии и послушников, монашеские кельи и другие хозяйственные постройки. После пожара 1775 г. деревянная монастырская стена была заменена каменной.
Все храмы и здания занимали «нижнюю половину монастырской земли, северный же скат горы занят фруктовым садом, за которым вблизи ограды проходит полотно железной дороги».
К монастырю были приписаны Свято-Духовская пустынь и Ключевская загородная пустынь близ села Четвертаково Ардатовского уезда.
Монастырь закрыт в 1919 г.
Киево-Николаевский Новодевичий монастырь был основан в 1639 г.
Предыстория его появления такова. В 1638 г., в связи с гонениями на православную церковь, игуменья Ладинского девичьего монастыря Елизавета Летинская с сестрами бежали из Литвы. В пограничный московский город Путивль «богомолицы пришли ограблены, наги и босы, и голодны, а монастырского никакого заводу ничего не осталось». Отсюда игуменья отправляет челобитную на имя царя с просьбой разместить их в одном из монастырей. Просьба была уважена. Их переводят в Брянск, а отсюда в Алатырь на житье в Николаевский девичий монастырь, основанный в 1603 г. В годы «смуты» он был разрушен и восстановлен только в 1622 г. К 1639 г. монастырь влачил жалкое существование. За ветхостью церковь монастырская пошатнулась, крыша и паперть обломились, кельи повалились.
Тогда вновь прибывшими и было принято решение основать новый монастырь на пустопорожнем месте: «под стеною, близко от Силинской башни, вверх по Суре реке, подле острогу да орешника». С весны 1639 г. началось строительство деревянной церкви во имя святого Николая Мирликийского чудотворца, келий, трапезной, поварни, хлебной. В 1640 г. построена церковь Покрова Пресвятой Богородицы.
Монастырь дважды горел (1666 и 1690 гг.). После первого пожара был перенесен за городской острог, выше Казачьей слободы, где располагается и сегодня.
Жили монахини за счет государства. Им устанавливалось денежное, хлебное и церковное жалованье. Первоначально оно было следующим: «Игуменныя деньги пять рублей, а хлеба восемь четвертей ржи, пятидесяти двум старицам по два рубля с полтиною, по четыре четверти ржи… овса потому ж всякому человеку. Да им же давать по шестидесят сажен дров, потому что дачи незавидные, вотчин нет, и привезти дров некому. Да им же… давать ведро вина церковного, по полпуду ладана, да на свечи по четыре пуда воску, да на кутью по шести четвертей пшеницы, по два пуда патоки на то же».
В 1764 г. монастырь был приписан к 3-му классу и стал получать жалованье 337 руб. 43 коп. в год. Оно сохранялось и в последующие годы.
Монастырь никогда не был обделен вниманием царствующих лиц, что выражалось в различных дарах. В 1640 г. пожаловано мельничное место на реке Стемасе и заводь Старица для рыбной ловли. Павел I жалует 30 десятин пахотной земли, а его сын Александр I – 150 десятин леса.
9 июня 1767 г. монастырь посетила Екатерина II.
В XVIII в. деревянные церкви заменены каменными. В 1737 г. строится надвратная церковь святителя и чудотворца Николая в традиционном стиле: «восьмерик на четверике», в 1753 г. церковь Вознесения Господня, а в 1764 г. – во имя Покрова Пресвятой Богородицы.
В конце XIX – начале XX вв. в монастыре проживало более 200 сестер.
Закрыт монастырь в 1919 г.